// Получим список всех товаров
$db_res = CCatalogProduct::GetList();
while ($arProduct = $db_res->Fetch())
{
// Получим записи из таблицы остатков товара для склада с ID=1
$rs = CCatalogStoreProduct::GetList(false, array('PRODUCT_ID'=> $arProduct['ID'], 'STORE_ID' => 1));
while($ar_fields = $rs->GetNext())
{
// Обновим значение остатка на складе из значения остатка количественного учёта
$arFields = Array(
"PRODUCT_ID" => $ar_fields["PRODUCT_ID"],
"STORE_ID" => 1,
"AMOUNT" => 0,
);
CCatalogStoreProduct::Update($ar_fields['ID'], $arFields);
}
}